Det indre af Pena-paladset har udsmykkede stukkaturer, flermønstrede søjler, maurisk buede lofter og meget af det oprindelige klosters kapel. Mange værelser i Pena-paladset er malet i trompe-l'oeil, som er en fantastisk malemetode, der giver illusionen af dybde og lagdeling, mens man kun bruger maling.