Interiorul Palatului Pena prezintă stucaturi ornamentate, coloane cu mai multe modele, tavane cu arcade maure și o mare parte din capela originală a mănăstirii. Multe camere din Palatul Pena sunt pictate în trompe-l'oeil, care este o metodă uimitoare de pictură ce dă iluzia de profunzime și stratificare folosind doar vopsea.