Pena Sarayı'nın iç kısmında süslü sıvalar, çok desenli sütunlar, Mağribi kemerli tavanlar ve orijinal manastır şapelinin büyük bir kısmı yer almaktadır. Pena Sarayı'ndaki pek çok oda, sadece boya kullanarak derinlik ve katman yanılsaması veren harika bir boyama yöntemi olan trompe-l'oeil ile boyanmıştır.